14 июня 2017 года в 12:20 мск в соответствии с программой полета Международной космической станции (МКС) с площадки №31 космодрома БАЙКОНУР успешно стартовала ракета-носитель (РН) «Союз-2.1а» с транспортным грузовым кораблем (ТГК) «Прогресс МС-06». Через 8 минут 48 секунд после старта ТГК «Прогресс МС-06» успешно отделился от третьей ступени и вышел на заданную орбиту.

После отделения космического корабля от третьей ступени ракеты-носителя специалисты Главной оперативной группы управления полетом российского сегмента МКС (ГОГУ РС МКС) в Центре управления полетами (ЦУП) приступили к управлению его полётом.

Сближение транспортного корабля «Прогресс МС-06» со станцией и причаливание к стыковочному узлу служебного модуля «Звезда» российского сегмента МКС планируется проводить в автоматическом режиме под контролем специалистов ГОГУ РС МКС в ЦУП и российского космонавта Фёдора ЮРЧИХИНА. Стыковка корабля с МКС запланирована 16 июня 2017 года в 14:42 мск.

ТГК «Прогресс МС-06» доставит на МКС около 2,5 тонн различных грузов, в том числе сухие грузы, топливо в баках КДУ и системы дозаправки, воду, сжатые газы, а также оборудование для научных комплексных экспериментов, в том числе наноспутники «Танюша-ЮГЗУ», «Сфера-53», ТНС-О №2.