В ноябре 1989 Руст, проходивший альтернативную службу в больнице в немецком городе Риссен, ударил ножом медсестру, потому что она отказалась пойти с ним на свидание. За это в 1991 он был приговорён к 4 годам лишения свободы, но был освобождён спустя всего 5 месяцев. В апреле 1994 Руст заявил, что хочет вернуться в Россию. Там он посетил детский дом и стал жертвовать на него деньги. Затем он исчез на 2 года. Ходили слухи о его гибели, но в действительности Руст торговал обувью в Москве.[10]

Затем, в 28-летнем возрасте, объездив весь мир, Руст вернулся на родину. Там он объявил о намерении жениться на индийской девушке по имени Гита (Geetha), дочери богатого торговца чаем из Бомбея. Руст перешёл в индуизм, и церемония бракосочетания прошла в Индии и по индуистскому обряду. После бракосочетания Руст с женой вернулся в Германию.[10]

В апреле 2001 Руст предстал перед судом по обвинению в краже свитера в универмаге.[10] По состоянию на 2002 год Руст жил в Гамбурге со второй женой Афиной (Athena). Сейчас Матиас Руст зарабатывает на жизнь игрой в покер.[11]

По одной из версий полёт Руста являлся акцией иностранных спецслужб. Как сказал в одном из интервью генерал армии Петр Дейнекин, главнокомандующий ВВС РФ в 1991-1997 годах, «Нет никаких сомнений, что полёт Руста был тщательно спланированной провокацией западных спецслужб. И что самое важное — проведена она с согласия и с ведома отдельных лиц из тогдашнего руководства Советского Союза»[4]. Этой же точки зрения придерживается Игорь Морозов, бывший полковник КГБ СССР, отметивший: «это была блестящая операция, разработанная западными спецслужбами. Спустя 20 лет становится очевидным, что спецслужбы, и это ни для кого уже не является секретом, смогли привлечь к осуществлению грандиозного проекта лиц из ближайшего окружения Михаила Горбачева, причем со стопроцентной точностью просчитали реакцию Генерального секретаря ЦК КПСС. А цель была одна — обезглавить Вооруженные силы СССР, значительно ослабить позиции Советского Союза на международной арене»[4].

Командующий зенитно-ракетными войсками ПВО СССР Расим Акчурин говорил: «акция была вовсе не безобидной, а спланированной, чтобы опорочить нашу армию. <...> Был снят главком Александр Иванович Колдунов — удивительный человек, дважды Герой Советского Союза. Кроме того, у нас командарма сняли — его судьбы я не знаю и даже имени уже не помню. В ПВО тогда очень много народа „помели“, а оперативного дежурного даже засудили. …убрали отличного министра обороны Сергея Леонидовича Соколова и поставили вместо него Дмитрия Язова»[4]. По словам дежурного генерала на центральном пункте ПВО 28 мая 1987 года Сергея Мельникова, бывший председатель КГБ Владимир Крючков в разговоре в доверительной форме сообщил ему, что «лично готовил эту операцию по указанию Горбачёва»