Во-первых, авторов идеи обвиняют в банальном желании под маской инноваций обустроить очередную распилочную. Именно этим, по мнению критиков, объясняется желание обустроить проект в чистом поле (так можно списать побольше на капстроительство), и поближе к Москве (чтобы не ездить далеко).

Второе обвинение: совершеннейший волюнтаризм в принятии решений. Научно-технический центр пытаются создать в чистом поле, где нет ни НИИ, ни вузов, способных обеспечить исследовательскую составляющую. В Долине есть Стэнфорд, в Томске — университет, в Дубне и Академгородке — мощные институты и отделение РАН. В Сколково есть бизнес-школа, но, простите, там технологий не делают, там делают менеджеров, причем очень дорогих, не для стартапов. Одних менеджеров для инновационного бизнеса мало.

Обвинение третье — задача поставлена с ног на голову: Долина и аналоги появлялись органично, снизу, силами самих сообществ. Государство в лучшем случае помогало с инфраструктурой, причем именно в тех местах, где это было необходимо и востребовано. С проектом русской Долины все наоборот: государство строит инфраструктуру в понравившемся ему месте, а не там, где есть спрос со стороны инноваторов. Причем проект строится в регионе, где выжить инновационной компании сложно — сверхвысокие зарплаты, расходы на аренду, подключение к сетям и прочие издержки в московском регионе в разы выше, чем в других частях страны. Для стартапов это смерти подобно.