Ключевой причиной того, что Лужков так долго управлял Москвой были его предполагаемые связи с московской мафией, этим самым мощным российским синдикатом организованной преступности. Данная связь не была похожа ни на прямое управление, ни на преступное сообщество. Сам Лужков не занимался деятельностью московской мафии. Но многие считают его политическим куратором этой преступной группировки. Лужкову якобы принадлежал так называемый "теневой портфель" – он отвечал за политические аспекты операций московского мафиозного криминалитета. А это значит, что мэр был центральной фигурой, координировавшей повседневную деятельность мира организованной преступности в столице. Он также стал полезен для Кремля, поскольку обеспечивал в Москве голоса в пользу тех кандидатов, которые были преданы правящей власти.

Предполагаемые деловые связи с московской организованной преступностью обеспечивали огромный политический и финансовый успех самому Лужкову и его жене Елене Батуриной, которая стала единственной женщиной-олигархом в России, а по версии журнала Forbes также третьей богатейшей женщиной в мире, добившейся всего собственными силами. Однако в последнее десятилетие Путин старательно усиливал контроль над всеми рычагами власти в России, включая организованную преступность. В связи с этим личная власть Лужкова над московской мафией стала скорее недостатком, чем преимуществом, так как благодаря ей важная часть российской экономики оказалась в руках одного человека – вернее, одной семейной пары.

Поэтому Кремль в конце 2009-го – начале 2010-го годов решил обезличить предполагаемую связь Лужкова и московской организованной преступности, создав вместо нее некий постоянный, неформально узаконенный "теневой кабинет" в рамках московской мэрии. Этот кабинет должен играть ту роль политического куратора в интересах организованной преступности, которую якобы играл Лужков. Таким образом, связь государства с московской мафией сохраняется, а мэр оказывается в стороне. Главным элементом данного плана была отставка Лужкова.