Александр Штанько взят под стражу в марте 2009 года по подозрению в получении взяток за выдачу квалифицирующих документов морякам. В ходе следствия выяснилось, что в коррупционном процессе была задействована целая группа людей, обеспечивавшая поток денег в обмен на документы.