С. Л. Магнитский был руководителем отдела налогов и аудита в фирме Firestone Duncan, оказывавшей юридические услуги, в том числе и фонду Hermitage Capital Management. Летом 2007 года российское отделение фонда Hermitage Capital заподозрили в уклонении от уплаты налогов. В ходе проведенных обысков была изъята документация фонда, а в аудиторской фирме Firestone — печати фирм, с использованием которых фонд работал в России. Юристы фонда, в том числе Магнитский, выявили факт перерегистрации фирм.[3] [4] В октябре 2008 года он дал показания следователю в связи с делом адвоката Эдуарда Хайретдинова, указывая на то, что изъятые документы и печати ряда фирм Hermitage были использованы для перерегистрации их на новых собственников и последующего незаконного возврата налогов на сумму 5,4 млрд рублей[5]. По утверждению «Новой газеты» в номере от 28 апреля 2010 года[6], преступная схема, которую пытался разоблачить Магнитский, была направлена не только против его компании:
«В течение нескольких лет подобным образом уводились из бюджета десятки миллиардов рублей, отнимался бизнес у российских предпринимателей, а сами они отправлялись в тюрьму по сфальсифицированным обвинениям. В этой схеме были задействованы многие офицеры МВД, сотрудники прокуратуры, налоговых органов, судьи, адвокаты».
По данным экспертов Hermitage, бывший начальник московской налоговой № 28 Ольга Степанова на похищенные из бюджета деньги купила шикарный особняк в Подмосковье и недвижимость в Дубае[7][8]. В Дубае находится оформленная на её бывшего мужа Владлена Степанова роскошная вилла, а также четыре квартиры, записанные на него самого и ещё на двух заместителей Ольги Степановой по московской налоговой инспекции номер 28. Плата за приобретение недвижимости производилась со счетов в швейцарском банке Credit Suisse, которые в 2011 арестованы швейцарскими следственными органами[9][10][11].
Возможно, бенефициаром хищения из бюджета 5,4 млрд рублей является Анатолий Сердюков, бывший министр обороны, руководивший ФНС с 2004-го по 2007 год[12].
По тем же самым схемам, которые разоблачил Сергей Магнитский, те же самые люди с 2009 по 2010 год вывели из бюджета еще более 11 млрд рублей[13].