История с фальшивыми диссертациями, которые защищались в МПГУ, началась в ноябре 2012 года, когда директором специализированного учебно-научного центра имени Колмогорова Московского государственного университета был назначен Андрей Андриянов, глава студенческого союза МГУ. Тогда члены совета выпускников центра пожаловались на Андриянова, посчитав, что он незаконно получил степень кандидата исторических наук.

В частности, указывалось, что в его работе были указаны несуществующие научные публикации. «Колмогоровцы» просили проверить правомерность присуждения научной степени кандидата исторических наук Андриянову. Научная работа Андриянова защищалась в диссертационном совете МПГУ в 2011 году, хотя учился он в аспирантуре химического факультета МГУ. Тогда выявили еще случаи неправомерной защиты научных работ в диссертационном совете МПГУ.

Для расследования ситуации с поддельными диссертациями была создана комиссия при Минобрнауки по проведению экспертной оценки диссертаций, защищенных в совете МПГУ. Председателем комиссии стал заместитель министра образования и науки Игорь Федюкин. Результаты комиссии были опубликованы 31 января. Из 25 проанализированных диссертаций кандидатов и докторов наук в 24 авторефератах указывались несуществующие публикации, по 22 диссертациям были получены опровержения от организаций, которые якобы выступали в роли ведущей или в роли организации, где выполнялась диссертация. Кроме того, в работах были выявлены некорректные заимствования: в одной из диссертаций объем некорректного цитирования доходил до 87% текста.

Диссертационный совет, в котором защищались Андриянов и другие плагиаторы, а также кафедру истории МПГУ возглавлял историк Александр Данилов, прозвавший Сталина «эффективным менеджером». Он был уволен со своей должности в феврале 2013 года. Тогда ректор Матросов говорил журналистам, что Данилов был на особом счету у вуза, поскольку имел два взыскания.

В мае в отставку подал заместитель министра образования Игорь Федюкин, возглавлявший борьбу с липовыми диссертациями. Тогда он рассказывал «Газете.Ru», что надеется, что его уход «хотя бы отчасти снизит то беспрецедентное и нарастающее с каждым днем напряжение, которое сложилось вокруг принимаемых министерством решений».