В июле 2016 года Бельянинов ушел в отставку сразу после проведенного у него ФСБ обыска, в ходе которого, в частности, в обувных коробках в шкафу были найдены примерно 10 миллионов рублей, 300 тысяч долларов и 400 тысяч евро (в сумме на тот момент — примерно 66 миллионов рублей), не считая ряда дорогих ручек и старинных картин.Обыски, как сообщалось, проводились в рамках дела о контрабанде алкоголя, главным фигурантом является бизнесмен Дмитрий Михальченко. У Бельянинова в деле был статус свидетеля. Расследование дела Михальченко пока не завершено.
В декабре президент РФ Владимир Путин на пресс-конференции заявил, что в отношении Бельянинова не возбуждалось никаких уголовных дел, назвав «недопустимым» тот факт, что информация о проведенных у него обысках получила широкую огласку
.Вскоре после заявления Путина, писал «Коммерсант» со ссылкой на информированные источники, Бельянинову вернули изъятые при обыске деньги, а также «предложили несколько высоких должностей».В феврале Бельянинов заявлял, что готов занять любую должность: «Я буду работать там, куда поставит президент, могу делать все: могу туалеты мыть, могу быть губернатором».