Во время крымского кризиса 2014 года телеканал выступал за территориальную целостность Украины[8]. ATR вёл прямую трансляцию событий в Крыму[9].

В мае 2014 генеральный директор телеканала ATR Эльзара Ислямова, сообщила о намерении открыть корпункт в Татарстане[10], однако в этом месяце было объявлено, что ATR закрывает свои корпункты в Киеве, Москве и Стамбуле[11]. В августе 2014 года группа депутатов Государственного Совета Республики Крым потребовала лишить аккредитации корреспондента ATR Шевкета Наматуллаева, за то что, он не встал во время исполнения гимна России[12]. В ноябре 2014 Национальный совет Украины по вопросам телевидения и радиовещания призвал провайдеров ретранслировать ATR[13]. 3 ноября 2014 года телеканал был награждён премией имени Исмаила Гаспринского в области журналистики и защиты прав человека в номинации «Телевидение тюркского мира»[14].

26 января 2015 года в здании телеканала состоялись обыски сотрудниками полиции и ОМОНа. Правоохранительные органы изымали информацию о митинге 26 февраля 2014 года у здания Верховного Совета Автономной Республики Крым[15]. Парламентская ассамблея Совета Европы и Министерство иностранных дел Турции осудили обыск на телеканале ATR[16][17].

19 марта 2015 года Глава Республики Крым Сергей Аксёнов заявил, о том, что руководству канала прояснено, что нагнетать обстановку и вызывать у населения чувство напряжённости, связанное с тем, что канал даёт надежду на возвращение Крыма в состав Украины, подстрекая других людей к действию, говорить о том, как потом расправятся с теми, кто получил российские паспорта, в нынешнее полувоенное время недопустимо[18].

25 марта 2015 года на ATR начался телемарафон «Не убивайте ATR!», так как Роскомнадзор отказал телеканалу в регистрации по российскому законодательству[19]. В эфире ATR появились часы, отсчитывающие время до прекращения вещания. Совет при Президенте Российской Федерации по развитию гражданского общества и правам человека обратился в Роскомнадзор с просьбой не допустить прекращения вещания телеканала ATR и других СМИ на крымскотатарском языке[20]. Меджлис крымскотатарского народа заявил, что отказ в регистрации телеканала нарушает статью 16 Декларацию ООН о правах коренных народов[21]. Председатель Меджлиса Рефат Чубаров также прекратил быть собственником 1 % акций телеканала, так как по российскому законодательству учредителями СМИ могут быть только граждане России[22].

31 марта в здании телеканала состоялся день открытых дверей, куда пришло около 100 человек[23].

1 апреля 2015 года в 00:00 телеканал прекратил вещание из-за неполучения перерегистрации. Вместе с ним прекратили работу детский телеканал «Ляле», радиостанции «Мейдан-ФМ» и «Лидер», входящие в информационный холдинг АТР[24]. На следующий день все сотрудники телеканала вышли на работу. Генеральный директор Эльзара Ислямова заявила, что теперь они будут заниматься производством документальных фильмов[25], посвящённые детям войны, первым репатриантам. С мая информационная редакция ATR на сайте телеканала начала публиковать сюжеты в формате real time news, планируется достигнуть уровня в 12 сюжетов в день (как во время работы телеканала в эфире)[26].

Крымские татары Киргизии выступили за сохранение телеканала[27]. 28 марта 2015 года в Киеве на Майдане Незалежности состоялась акция в поддержку ATR, в которой приняла участие певица Джамала[28].

Обеспокоенность в связи с закрытием ATR выразил председатель президиума Духовного управления мусульман европейской части России и председатель Совета муфтиев России Равиль Гайнутдин[29]. Крымские татары живущие в Казахстане сняли видеоролик в поддержку телеканала ATR[30]. 30 марта в Симферополе было задержано семеро студентов, которые записывали видеоролик в поддержку ATR[31]. Также в поддержку телеканала выступили «Ассоциация по защите репрессированных народов», организация «Молодёжь европейских народностей», Федералистский союз европейских народностей, Институт кавказских, татарских и туркестанских исследований[32].

В поддержку телеканала выступили: ректор Крымского инженерно-педагогического университета Февзи Якубов[33], бывший председатель Верховного Совета Автономной Республики Крым Леонид Грач[34], актёр и режиссёр Ахтем Сейтаблаев[35], член Совета при Президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека Николай Сванидзе[36], председатель Духовного управления мусульман Крыма, Муфтий Крыма Эмирали Аблаев[37], бывший глава Бахчисарайской райгосадминистрации Ильми Умеров[38], журналисты Айдер Муждабаев[39] и Максим Шевченко[40], писатель Владимир Войнович[41], бывший Председатель Правительства Российской Федерации Михаил Касьянов[42], Президент УкраиныПётр Порошенко[43] и Министр культуры Украины Вячеслав Кириленко[44].

Министерство иностранных дел Украины осудило закрытие ATR[45], но согласилось с закрытием 14 российских каналов[46]. Европейская служба внешнеполитической деятельности назвала закрытие телеканала нарушением права на свободу слова и призвала восстановить вещание ATR[47]. Министр иностранных дел Литвы Линас Линкявичюс заявил, что закрытие ATR — продолжение репрессий в Крыму[48]. Глава Минкульта Украины Вячеслав Кириленко высказал идею перенести на материковую часть Украины часть редакции и транслировать сигнал канала, в том числе, и на Крым[49]. По словам Рефата Чубарова в начале лета планируется запустить европейский медиакультурный проект для крымских татар, в котором примут участие журналисты ATR[50].

Закрытие канала стало одной из тем обсуждения президента Турции Реджепа Тайипа Эрдогана и президента России Владимира Путина в начале апреля 2015 года. Ранее МИД Турции выразил обеспокоенность в связи с отказом в регистрации крымскотатарских СМИ по российскому законодательству[51]. Государственный департамент США также осудил прекращение вещания ATR[52].

Переходный период для крымских СМИ в ноябре 2014 года был продлён до 1 апреля 2015 года. В течение этого периода регистрация средств массовой информации, продукция которых предназначена для распространения на территории субъектов Российской Федерации, осуществлялась по специальному порядку, без взимания государственной пошлины.

По данным CPJ прошли перерегистрацию в Роскомнадзоре 232, или 8 % редакций СМИ, среди них 3 (из 13) являлись крымскотатарскими СМИ[53].

Часть официальных причин по данным телеканала[54]: 14 ноября 2014 — ненадлежащее заверение копий документов (документы были исправлены и отправлены повторно); 26 января 2015 года — госпошлина уплачена по неверным реквизитам (копии платежных документов публично не представлены).

Глава Роскомнадзора Александр Жаров заявил, что никакого намерения отключать телеканал со стороны государственных органов не было, прекращение работы телеканала в Крыму произошло по инициативе владельцев[55], «Телеканал собирался подавать документы на регистрацию. Документы, которые были поданы четыре раза, все четыре раза были некомплектными». Также он высказался о максимально быстром получении разрешения на вещание, если ведомству будет отправлен полный набор соответствующих документов[56].

МИД РФ назвало попытки трактовки закрытия канала «ущемлением свободы слова и прав крымскотатарских СМИ» как «беспочвенные и возмутительные». «Времени с мая 2014 года было вполне достаточно для добросовестного и корректного оформления всех необходимых документов. Складывается впечатление, что реальная причина прекращения вещания — умышленное саботирование собственниками медиахолдинга требований российского законодательства»[57].

Роскомнадзор через пресс-службу[58] и свою страницу в Facebook[59] пригласил представителя ОБСЕ по вопросам свободы СМИ Дуню Миятович для ознакомления с документами, направлявшиеся в Роскомнадзор телеканалом ATR для регистрации российского СМИ. Миятович ответила на предложение, но запросила официальное приглашение через МИД РФ[60], которое ей по статусу не было необходимым.

Собственники медиахолдинга, несогласные с отказом в регистрации, имели право обратиться в суд, как российской юрисдикции, так и европейской, так как Россия находится под действием многих международных договоров. Однако никаких шагов в этом направлении владельцы не сделали.

17 июня 2015 телеканал возобновил вещание, транслируя свои программы из Киева[61][62]. В Крыму канал доступен только по спутниковому телевидению. Председатель комитета по информационной политике, связи и массовым коммуникациям Крыма Сергей Шувайников заявил, что журналисты телеканала будут нести уголовную ответственность за содержание материалов, в случае их несоответствия законам РФ[63].

Сам Сергей Шувайников так охарактеризовал ситуацию[64]: