Экопрограмма Крымского моста была проработана еще на этапе проектирования объекта. Она включает компенсационные мероприятия, а также регулярный экологический мониторинг на стройплощадке и прилегающих территориях. Ежемесячно и ежеквартально специалисты российских научно-исследовательских институтов берут пробы воды, донных отложений, почвы и атмосферного воздуха в Керченском проливе, замеряют здесь уровень шума, наблюдают за водными биоресурсами, орнитофауной, растительным и животным миром.