Он родился 3 марта 1966 года в Москве.
В 1989 году окончил Московский станкоинструментальный институт («СТАНКИН»; ныне — Московский государственный технологический университет «СТАНКИН») с присвоением квалификации «инженер-системотехник», в 1992 году — аспирантуру этого вуза.
В 2003 году в Российской экономической академии им. Г. В. Плеханова защитил диссертацию на соискание степени кандидата экономических наук по теме «Механизм государственного налогового администрирования в России».
Доктор экономических наук. В 2010 году в Академии народного хозяйства при правительстве РФ (ныне — Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ) защитил диссертацию на тему «Стратегия формирования имущественного налогообложения в России».
С 1992 года Михаил Мишустин работал в Международном компьютерном клубе (некоммерческая организация, ставившая целью «привлечение западных передовых информационных технологий» в Россию). До 1995 года — директор тестовой лаборатории, в 1995-1996 годах — заместитель генерального директора Левона Амдиляна, в 1996-1998 годах — председатель правления Международного компьютерного клуба.
В 1998 году занимал должность помощника руководителя Государственной налоговой службы РФ Бориса Федорова по информационным системам учета и контроля за поступлением налоговых платежей.
С 22 августа 1998 года — заместитель руководителя Государственной налоговой службы РФ. Ведомством в эти периоды руководили Борис Федоров, а с сентября 1998 года — Георгий Боос. 23 декабря 1998 года на базе Государственной налоговой службы было образовано Министерство РФ по налогам и сборам.
С марта 1999 года по март 2004 года занимал должность заместителя министра РФ по налогам и сборам. Министерством в этот период последовательно возглавляли Георгий Боос, Александр Починок (с мая 1999 года) и Геннадий Букаев (с мая 2000 года).
С 22 марта 2004 года по 18 декабря 2006 года — руководитель Федерального агентства кадастра объектов недвижимости (Роснедвижимость; упразднено в марте 2009 года).
С 18 декабря 2006 года по 29 февраля 2008 года Михаил Мишустин руководил Федеральным агентством по управлению особыми экономическими зонами (РосОЭЗ; упразднено в октябре 2009 года).
В 2008-2010 годах — президент компании UFG Capital Partners и управляющий партнер группы компаний UFG Asset Management (управление активами, инвестиционный бизнес), курировал проекты по запуску венчурного фонда, фондов недвижимости, а также развитие бизнеса в регионах. Одним из основателей группы UFG был бывший министр финансов Борис Федоров. В этот же период Михаил Мишустин был научным руководителем Института экономики недвижимости Государственного университета «Высшая школа экономики».
С 6 апреля 2010 года — руководитель Федеральной налоговой службы РФ (ФНС России). Сменил на этом посту Михаила Мокрецова. После прихода на пост главы ФНС Михаил Мишустин заявил, что механизм взаимодействия граждан с налоговой службой «должен быть максимально комфортным». При нем в ФНС началось активное развитие инноваций и современных технологий, различных электронных сервисов. В июле 2019 года был завершен последний этап перехода на новый порядок применения контрольно-кассовой техники, предусматривающий передачу информации о расчетах в адрес налоговых органов в режиме онлайн.
Одновременно с октября 2013 года является научным руководителем факультета налогов и налогообложения Финансового университета при правительстве РФ.
Входит в наблюдательный совет хоккейного клуба ЦСКА, правление Федерации хоккея России. Член ученого совета Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ.
Входил в состав Совета при президенте РФ по развитию финансового рынка Российской Федерации (2011-2018).
Сумма декларированного дохода за 2018 год составила 18 млн 993 тыс. рублей, супруги — 47 млн 709 тыс. рублей.
Действительный государственный советник РФ I класса (2010).
Награжден орденами Почета (2012), «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2015). Отмечен Почетной грамотой президента РФ (2013) и благодарностью правительства РФ (2016).
Автор монографии «Информационно-технологические основы государственного налогового администрирования в России» (2005).
Женат, трое сыновей.
Увлекается хоккеем. Также играет на рояле.
