В расследовании, проводившемся ССГ под руководством голландской генпрокуратуры, Россия не участвовала. Президент Владимир Путин отмечал, что из-за этого Москва не может признать ее «выводы».
В Совместной следственной группе считают, самолет якобы сбили из «Бука», принадлежащего 53-й зенитно-ракетной бригаде из Курска. При этом в российском МИД подчеркивали, что ССГ отметала все свидетельства, доказательства и экспертные оценки, которые шли вразрез с заранее выбранным сценарием. Более того, заместитель генпрокурора Николай Винниченко рассказал, что следствие проигнорировало переданные Москвой данные российских радаров, а также документацию о том, что поразившая Boeing ракета принадлежала Украине, ее запустили с подконтрольной Киеву территории.