Евгений Пригожин родился в Ленинграде. Его мать Виолетта Кировна Пригожина была медиком и работала в больнице. Отец Виктор Евгеньевич Пригожин рано умер, и ребенка воспитывал отчим Самуил Жаркой. Будучи лыжным инструктором, Жаркой приобщил его к беговым лыжам. В 1977 году Пригожин окончил ленинградскую спортивную школу-интернат № 62 (ныне колледж олимпийского резерва № 1), где учился вместе с пловцом Владимиром Сальниковым и гимнастом Александром Дитятиным, которые впоследствии стали трехкратными чемпионами московской Олимпиады. После школы поступил в Ленинградский химико-фармацевтический институт, получил специальность «провизор-фармацевт». В 2018 году в одном из интервью он сообщал, что институт не закончил.

Агентство «Росбалт» (Минюст включил его в реестр СМИ-иноагентов) сообщало, что в ноябре 1979 года Куйбышевский районный народный суд Ленинграда приговорил Пригожина к двум с половиной годам лишения свободы условно по обвинению в краже. По данным Forbes, в 1981 году Ждановский народный районный суд Ленинграда приговорил Пригожина по новым обвинениям в краже, мошенничестве, вовлечении несовершеннолетнего в преступную деятельность и разбое к 13 годам колонии. В 1988 году Пригожин был помилован.

В 1990 году он стал заниматься бизнесом, начав с продажи хот-догов. Как пишет Forbes, этот бизнес он открыл вместе с отчимом, и часть производства находилась в квартире Пригожина. «Горчицу к хот-догам замешивали прямо у меня на квартире. <...> Приходилось платить бандитам с каждого ларька по $100», — приводит издание его слова.

В 1991–1997 годах Пригожин управлял сетью частных продовольственных магазинов «Контраст», в 1995 году открыл бар-магазин «Винный клуб» на Васильевском острове в Санкт-Петербурге. В 1996 году, после знакомства с ресторатором Тони Гиром, открыл первый «элитный» ресторан города — «Старая таможня», после появились «Русский китч», «Семь сорок» и «Строгановский дворец». В том же 1996 году Пригожин основал компанию «Конкорд кейтеринг».

В 1997 году Пригожин открыл ресторан на теплоходе, который получил название New Island и стал на тот момент самым дорогим рестораном Петербурга. В 1999 году в New Island ужинали премьер-министр Сергей Степашин и директор-распорядитель МВФ Мишель Камдессю.

Пригожин продолжал заниматься розничным фастфудом и с 2002 по 2012 год развивал в Петербурге сеть кафе-блинных под придуманным им названием «Блин! Дональт's». Заведения сети позиционировались как социально значимые, с дешевой едой для местных жителей, блюда в меню получали необычные названия — в частности, там был сэндвич «квадрососисон». Бизнесмен планировал открыть до 20 кафе, однако к 2008 году открылось лишь десять, а с 2009 года компания Пригожина начала закрывать рестораны, последний из которых закончил работать в 2012 году. Сеть фактически послужила основой для создания Пригожиным в дальнейшем формата комбинатов питания. В 2016 году, как писал тогда РБК, Пригожин фактически стал монополистом на рынке школьного питания в Москве.

Строительным бизнесом Пригожин начал заниматься в 2000-х годах в Петербурге. В частности, как писала «Фонтанка», «Конкорд» в районе Лахты построил жилой комплекс «Северный Версаль» из 45 трехэтажных домов в стиле архитектуры Петербурга XVIII—XIX веков.

В 2008 году компания Пригожина ООО «Конкорд менеджмент и консалтинг» (входит в группу «Конкорд») получила участок рядом с парком 300-летия Петербурга для строительства Центра водного туризма. В 2011 году компания обратилась в суд, заявив, что городские власти затягивают выделение участка. В 2012 году суды трех инстанций подтвердили права инвестора. К марту 2016 года компания возвела на участке комплекс «Лахта Плаза» из шести жилых зданий общей площадью 41,9 тыс. кв. м.

В 2010 году компания, принадлежащая жене Пригожина, арендовала в центре Петербурга Дом торгового товарищества «Братья Елисеевы», в котором после реконструкции открылся «Магазин купцов Елисеевых». Летом 2016 года компания добилась права приватизировать здание за 740 млн руб.

Компания Пригожина также сотрудничала с Минобороны: за период c конца 2014 года по середину 2015-го структуры «Конкорда» выиграли тендеры на 10,3 млрд руб. на уборку в казармах и учебных заведениях оборонного ведомства, подсчитывал тогда РБК. Связанная с Пригожиным компания «Мегалайн» получила в 2015 году контракт на 3,3 млрд руб. на строительство военной базы в Валуйках в Белгородской области, она же выиграла на конкурсе контракт на 161,6 млн руб. на строительство военного городка в Омской области. В том же году несколько связанных с Пригожиным компаний выиграли тендеры на жилищно-коммунальное обслуживание военных городков в нескольких областях страны.

Имя Пригожина связывают с созданным летом 2013 года Агентством интернет-исследований, которое в прессе называли «фабрикой троллей». В США эту структуру обвиняли во вмешательстве в выборы. Сам Пригожин долгое время это опровергал. В феврале 2023 года бизнесмен заявил, что придумал Агентство интернет-исследований. «Я его создал, я им управлял длительное время. Создано оно было для защиты российского информационного пространства от хамской агрессивной пропаганды антироссийских тезисов со стороны Запада», — заявил Пригожин.

В 2017 году стало известно о создании структурами Пригожина «фабрики медиа», в которую вошли Федеральное агентство новостей, а также другие связанные с ним издания, в частности «Политика сегодня», «Экономика сегодня» и «Народные новости». Согласно расследованию журнала «РБК», к февралю 2017 года ежемесячная аудитория изданий «фабрики медиа» достигла 36 млн человек, превысив аудиторию агентства «РИА Новости» и «Комсомольской правды». Вскоре эти издания вошли в медиагруппу «Патриот».

В США Пригожина обвинили во вмешательстве в выборы 2016 года и в политический процесс. В феврале 2021 года ФБР назвала Пригожина в числе 13 россиян, которые объявлены в розыск за вмешательство в выборы президента США. Ведомство предложило вознаграждение в размере до $250 тыс. за сведения, которые помогут заключить бизнесмена под стражу. Пригожин назвал действия бюро «шоу с розыском, как в старые ковбойские времена», и потребовал удалить с сайта ФБР объявление о вознаграждении за информацию о нем.

Пригожин — основатель частной военной компании (ЧВК) «Вагнер». Журнал «РБК» писал о полигоне у населенного пункта Молькино в Краснодарском крае, который начал использоваться, предположительно, для подготовки бойцов ЧВК в середине 2015 года. В октябре 2015-го о наборе добровольцев в состав ЧВК и участии ее бойцов в наземных операциях в Сирии, а также в конфликте на территории Луганской и Донецкой народных республик сообщала «Фонтанка». ЧВК получила название «Вагнер» в 2014 году по позывному первого командира подразделения, офицера запаса Дмитрия Уткина.

В США и Евросоюзе заявляли о действиях ЧВК «Вагнер» также в Ливии, ЦАР, Судане, Мозамбике и Мали. Госдепартамент заявлял, что деятельность «Вагнера» в Африке мешает работе миротворцев ООН на континенте.

В июле 2018 года в ЦАР для съемок фильма о деятельности ЧВК направились журналист Орхан Джемаль, оператор Кирилл Радченко и режиссер Александр Расторгуев. По пути к месту съемок их машину атаковали неизвестные вооруженные люди. Журналисты погибли, с места убийства россиян пропали деньги, техника и документы.

США и Евросоюз обвиняли ЧВК «Вагнер» в нарушении прав человека на Ближнем Востоке и в Африке и ввели против компании санкции, которые были ужесточены после начала российской спецоперации на Украине. Санкции были введены в 2016 году и против Пригожина, которого обвинили в связях с ЧВК.

Пригожин долгое время отвергал связь с ЧВК, заявляя, что «крайне удивлен самим фактом существования данной компании и не имеет к ее деятельности никакого отношения». Однако в сентябре 2022 года признался, что именно он является ее создателем. В конце октября 2022-го бизнесмен заявил о создании в Санкт-Петербурге «ЧВК Вагнер Центра», в котором «смогут работать специалисты в области оборонных и информационных технологий с целью повышения обороноспособности России».

Соединения ЧВК активно участвовали в боевых действиях на Украине, в частности под Артемовском (украинское название — Бахмут) и в Соледаре.

Летом 2022 года начали появляться сообщения о посещении Пригожиным тюрем с целью вербовки заключенных в ряды «Вагнера».

В ноябре 2022 года телеграм-канал GREY ZONE, который в Совете по правам человека связали с ЧВК «Вагнер», опубликовал видео убийства мужчины, которого назвали бывшим бойцом ЧВК Евгением Нужиным, участвовавшим в спецоперации. На видео мужчина называет свое имя и дает интервью украинским журналистам, заявляя, что добровольно перешел на сторону Киева. Затем Нужина показывают в темном помещении, и его голова примотана к кирпичам скотчем. Мужчина рассказывает, что 11 ноября 2022 года он находился на улице Киева, где получил удар по голове, в результате чего потерял сознание. «Очнулся в этом подвале, где мне сообщили, что меня будут судить», — говорит мужчина на записи, после чего получает удары кувалдой по голове.

После пленения Нужин в интервью украинскому журналисту Юрию Бутусову рассказал, что сам родом из города Перевоз в Нижегородской области и в 1999 году был осужден на 24 года лишения свободы за убийство человека, а затем из-за неудачного побега ему добавили еще четыре года.

Пригожин, комментируя видео, назвал его «прекрасной режиссерской работой». «Что касается окувалдованного, то в данном шоу видно, что он не нашел счастья в Украине, а встретился с недобрыми, но справедливыми людьми», — отметил он.

Позже Пригожин обратился к генпрокурору с просьбой провести доследственную проверку по факту убийства Нужина. 15 ноября уполномоченная по правам человека Татьяна Москалькова заявила РБК, что следственные органы занялись проверкой.

23 ноября Европарламент принял резолюцию, в которой Россия называется страной — спонсором терроризма в связи с военными действиями на Украине. В документе также содержался призыв к странам ЕС признать ЧВК «Вагнер» и входящий в Росгвардию 141-й полк имени Ахмата Кадырова террористическими организациями. После этого пресс-служба Пригожина сообщила, что тот отправил в Европарламент в футляре из-под скрипки «брендированную кувалду <...> с, вероятнее всего, бутафорскими следами крови».

В январе 2023 года США объявили ЧВК «Вагнер» транснациональной преступной организацией. В ответ Пригожин написал письмо в Белый дом с просьбой прояснить, какие преступления совершала эта организация.

Пригожин неоднократно критиковал власти Петербурга и губернатора Александра Беглова. В июле 2022 года он обвинил губернатора в создании помех для бизнеса, после того как структуры, связанные с предпринимателем, не получили контракт на обустройство территории «Горская» и разработку доверили другой компании, несмотря на инвестиционное соглашение. В администрации Петербурга эту точку зрения назвали частным мнением бизнесмена, отстаивающего свои интересы. Беглов заявлял, что действия правительства Петербурга вызывают критику со стороны некоторых «богатых людей, влиятельных людей, которые могут налом проплачивать определенные вещи», не уточняя, кого конкретно имеет в виду. В Кремле, комментируя подобные высказывания Пригожина, заявили, что тот, как предприниматель, «болеет душой за то, что происходит».

Пригожин женат, у него трое детей. Члены семьи Пригожина, в том числе его дети Полина и Павел, в 2022 году попали под санкции ряда западных стран. Под санкции ЕС и Канады также попала мать Виолетта Пригожина (1939 г.р.). Но в марте 2023-го она смогла добиться аннулирования ограничений, введенных портив нее Евросоюзом. Суд ЕС установил, что она не владеет компанией «Конкорд Менеджмент и Консалтинг», как считал Брюссель, а родственных связей для включения в санкционный список недостаточно.

В 2003 году Пригожин вместе с детьми Полиной и Павлом написал книгу сказок «Индрагузик», в которой описана сказочная страна Индрагузия.

В сентябре 2022 года Пригожин на странице своей пресс-службы в соцсети «ВКонтакте» сообщил, что его сын в возрасте 18 лет прошел службу в вооруженных силах и через месяц после армии «поехал на войну в Сирию». «С тех пор он постоянно находился и находится в горячих точках в составе ЧВК «Вагнер», где и получил свой первый Черный крест (награда ЧВК. — РБК)», — говорилось в сообщении.

Пригожин награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени «за достигнутые трудовые успехи, значительный вклад в социально-экономическое развитие Российской Федерации, заслуги в освоении космоса, гуманитарной сфере, укреплении законности, активную законотворческую и общественную деятельность, многолетнюю добросовестную работу», и медалями ордена «За заслуги перед Отечеством» I и II степеней. Также в публичных источниках есть фотографии Пригожина со звездами Героя России, Героя Донецкой и Луганской народных республик. В Кремле на вопрос о присвоении Пригожину звания героя закрытым указом президента заявили лишь, что все открытые указы публикуются.