Осенью 1943 года Шарфеттера направили в оккупированную Эстонию в филиалы концлагеря Вайвара — Эреда, Куремяэ, Йыхви, где он совершил свои преступления, за которые десятилетия спустя предстал перед судом. Эти лагеря были созданы в рамках ликвидации гетто в Прибалтике и Белоруссии. Командиром комплексов концлагерей Вайвара был гауптштурмфюрер СС Аумайер (казнен в Польше в 1948 году), медицинская часть находилась в ведении первого лагерного врача, оберштурмфюрера СС Франца фон Бодманна. Внешнюю охрану несли эстонские полицейские батальоны, внутренний распорядок поддерживался заключенными-капо. Штат немцев был небольшим, основной контингент служащих – коллаборационисты.После эвакуации из Эстонии в связи с приближением Красной Армии Шарфеттер служил в концлагере Штуттхоф, филиале Троли. Там получил травму ноги и с осени 1944 находился в военном госпитале. В последние месяцы войны перебрался в Гамбург, где и остался жить вместе с семьей. С 1956 года ходил в море в качестве помощника машиниста на различных судах. После того, как в ноябре 1960 года жена написала ему, что ими заинтересовалась полиция, Шарфеттер сошел в судна в Порт-Саиде и попросил убежища в Египте. В следующие годы он работал техником в египетской государственной компании, но в ноябре 1977 года решил вернуться в ФРГ. Его арестовали сразу же по прилету в аэропорт Мюнхена на основании ордера, выданного окружным судом Штаде. 13 декабря 1978 начался судебный процесс.