В 2021 году издание New York Times сообщило, что фон дер Ляйен и гендиректор американской фармацевтической компании Pfizer Альберт Бурла в рамках смс-переписки обсуждали крупнейший в истории Евросоюза контракт по закупке вакцин. Главу ЕК уже тогда заподозрили в непосредственном влиянии на переговорный процесс, скандал в СМИ получил название «Пфайзергейт» (Pfizergate). Общая сумма сделки могла достигать 35 миллиардов евро, а приобретенные 1,8 миллиарда доз значительно превышали потребности жителей Евросоюза. Урсулу фон дер Ляйен призывали к публикации содержания переписки, однако Еврокомиссия в июне 2022 отказалась предать ее гласности.

В октябре 2022 года Офис генпрокурора ЕС сообщил, что расследует закупки вакцин против коронавируса, которые Европейская комиссия осуществляла централизовано от имени всех государств Евросоюза. Там подчеркивали, что обнародовали информацию о проведении расследования исключительно исходя из его «общественной значимости», однако не стали раскрывать какие-либо подробности дела.

Во время пандемии коронавируса большую часть вакцин Евросоюз закупил у американо-германского консорциума BioNtech-Pfizer. Также Европейская комиссия подписала контракты на приобретение прививок от коронавируса с AstraZeneca, Sanofi-GSK, Janssen Pharmaceutica NV, Moderna, Novavax и Valneva. На эти закупки были выделены миллиарды евро. Точные цены доз прививок не сообщались под предлогом контрактных обязательств по неразглашению деталей. Также в ходе закупок и кампаний вакцинации страны ЕС столкнулись с отставанием от графика поставок, что привело в том числе к разбирательствам в суде. Депутаты Европарламента критиковали Еврокомиссию за непрозрачность при закупках вакцин.