Вахонин, его брат-близнец Антон Вахонин, работавший замруководителя аппарата комитета Госдумы по природным ресурсам и природопользованию, а также помощник депутата Госдумы, гендиректор Московского консультационного адвокатского бюро и директор некоммерческого объединения «Фонд поддержки культуры и спорта «Вега» Владислав Герасимович 12 июня 2007 года заманили в квартиру на Зоологической улице 19? летнюю студентку, где жестоко избили и изнасиловали ее. В результате девушка получила сотрясение мозга, переломы нескольких ребер, многочисленные ушибы, а также частично потеряла память.
Все трое были отпущены под подписку о невыезде, однако позднее из-за неоднократного уклонения от участия в следственных действиях было принято решение об аресте. Илья Вахонин на момент совершения преступления занимал пост заместителя начальника инспекции Счетной палаты по контролю над пользованием федеральной собственностью. После возбуждения уголовного дела он был отстранен от исполнения обязанностей, а затем уволился по собственному желанию. Как заявлял тогда глава Счетной палаты Сергей Степашин, он внимательно следит за этим делом, которое стало для его ведомства «неприятным сюрпризом». При этом Степашин в 2007 году обещал, что, если суд признает Вахонина невиновным, он будет восстановлен в должности.